Anajo haben sich 1999 gefunden und beschlossen, zusammen zu musizieren. Oliver Gottwald und Michael Schmidt lernten sich bereits zu Schulzeiten kennen und spielten vor der Bandgründung jedoch in zwei rivalisierenden Bands. Diese musikalische Feindschaft ging schließlich jedoch vorüber. Komplett wurde die Band jedoch erst durch Drummer Ingolf Nössner, der durch eine Anzeige im Augsburger Stadtmagazin auf seine späteren Bandkollegen aufmerksam wurde.

Der Bandname Anajo wurde aus der Not geboren, bereits eine Woche nach der Gründung am Nachwuchsbandwettbewerb "Band des Jahres" in Augsburg teilnehmen zu wollen. Er geht auf den Bud-Spencer-Film "Banana Joe" zurück. Weil der Fernseher jedoch kaputt war, fielen bei der Einblendung des Filmtitels einige Buchstaben weg, sodass nur noch "ANA JO" zu lesen war.